Adrien Melquiond

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Coautores

Alexandre M.J.J. BonvinUtrecht universityDirección de correo verificada de uu.nl
Mikael TrelletFluigentDirección de correo verificada de fluigent.com
Panagiotis KastritisProfessor of Integrative Structural Biochemistry, MLU Halle / ERA Chair for cryo-EM, NHRF, AthensDirección de correo verificada de bct.uni-halle.de
Ezgi KaracaAssistant Professor, Izmir Biomedicine and Genome Center & DEUDirección de correo verificada de ibg.edu.tr
Sjoerd de VriesResearch Engineer, CMPLI, ParisDirección de correo verificada de inserm.fr
João PGLM RodriguesPrincipal Scientist, Schrodinger IncDirección de correo verificada de schrodinger.com
Marc van DijkSenior scientist, Vrije Universiteit AmsterdamDirección de correo verificada de vu.nl
Gydo Van ZundertSchrodingerDirección de correo verificada de schrodinger.com
Normand MousseauUniversité de MontréalDirección de correo verificada de Umontreal.ca
Zeynep KurkcuogluPhD Bogazici University, PostDoc Utrecht UniversityDirección de correo verificada de boun.edu.tr
Anna VangoneLarge Molecule Research - RocheDirección de correo verificada de uu.nl
Li C XueRadboud University Medical CenterDirección de correo verificada de radboudumc.nl
Cunliang GengNetherlands eScience CenterDirección de correo verificada de esciencecenter.nl
Jörg SchaarschmidtKarlsruhe Institute of TechnologyDirección de correo verificada de kit.edu
Jorge Roel-TourisEMBO postdoctoral fellowDirección de correo verificada de ibmb.csic.es
Irina S. MoreiraUniversity of Coimbra, Life Sciences Department; Center for Neuroscience and Cell BiologyDirección de correo verificada de cnc.uc.pt
Joost SnijderUtrecht UniversityDirección de correo verificada de uu.nl
Albert J. R. HeckBiomolecular Mass Spectrometry and Proteomics, Bijvoet Center and Utrecht UniversityDirección de correo verificada de uu.nl
Dimitrios SpiliotopoulosSGSDirección de correo verificada de sgs.com
Andrea SpitaleriUniversità degli Studi di MilanoDirección de correo verificada de unimi.it

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Adrien Melquiond

University Medical Center Utrecht, NL

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Bioinformatics - Computational Biology - Structural Biology - Biochemistry - Biophysics - Genomics - Evolution - Teaching


Título Ordenar por citas Ordenar por año Ordenar por título	Citado por Citado por	Año
The HADDOCK2. 2 web server: user-friendly integrative modeling of biomolecular complexes GCP Van Zundert, J Rodrigues, M Trellet, C Schmitz, PL Kastritis, ... Journal of molecular biology 428 (4), 720-725, 2016	2608	2016
A unified conformational selection and induced fit approach to protein-peptide docking M Trellet, ASJ Melquiond, AMJJ Bonvin PloS one 8 (3), e58769, 2013	190	2013
Prediction of homoprotein and heteroprotein complexes by protein docking and template‐based modeling: a CASP‐CAPRI experiment MF Lensink, S Velankar, A Kryshtafovych, SY Huang, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 84, 323-348, 2016	168	2016
Building macromolecular assemblies by information-driven docking E Karaca, ASJ Melquiond, SJ De Vries, PL Kastritis, AMJJ Bonvin Molecular & Cellular Proteomics 9 (8), 1784-1794, 2010	155	2010
Blind prediction of homo‐and hetero‐protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment MF Lensink, G Brysbaert, N Nadzirin, S Velankar, RAG Chaleil, T Gerguri, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 87 (12), 1200-1221, 2019	125	2019
Clustering biomolecular complexes by residue contacts similarity JP Rodrigues, M Trellet, C Schmitz, P Kastritis, E Karaca, ASJ Melquiond, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 80 (7), 1810-1817, 2012	125	2012
Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein–ligand binding affinity predictor in the D3R Grand Challenge 2 Z Kurkcuoglu, PI Koukos, N Citro, ME Trellet, J Rodrigues, IS Moreira, ... Journal of computer-aided molecular design 32, 175-185, 2018	124	2018
Role of the region 23-28 in Aβ fibril formation: insights from simulations of the monomers and dimers of Alzheimer's peptides Aβ40 and Aβ42 A Melquiond, X Dong, N Mousseau, P Derreumaux Current Alzheimer Research 5 (3), 244-250, 2008	112	2008
Insight into cyanobacterial circadian timing from structural details of the KaiB–KaiC interaction J Snijder, RJ Burnley, A Wiegard, ASJ Melquiond, AMJJ Bonvin, ... Proceedings of the National Academy of Sciences 111 (4), 1379-1384, 2014	90	2014
Integrative modeling of biomolecular complexes: HADDOCKing with cryo-electron microscopy data GCP van Zundert, ASJ Melquiond, AMJJ Bonvin Structure 23 (5), 949-960, 2015	78	2015
dMM-PBSA: a new HADDOCK scoring function for protein-peptide docking D Spiliotopoulos, PL Kastritis, ASJ Melquiond, AMJJ Bonvin, G Musco, ... Frontiers in molecular biosciences 3, 46, 2016	77	2016
Defining the limits of homology modeling in information‐driven protein docking J Rodrigues, ASJ Melquiond, E Karaca, M Trellet, M Van Dijk, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 81 (12), 2119-2128, 2013	77	2013
Following the aggregation of amyloid-forming peptides by computer simulations A Melquiond, G Boucher, N Mousseau, P Derreumaux The Journal of chemical physics 122 (17), 2005	68	2005
Structures of soluble amyloid oligomers from computer simulations A Melquiond, N Mousseau, P Derreumaux PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 65 (1), 180-191, 2006	65	2006
Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI MF Lensink, IH Moal, PA Bates, PL Kastritis, ASJ Melquiond, E Karaca, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 82 (4), 620-632, 2014	63	2014
Sense and simplicity in HADDOCK scoring: Lessons from CASP‐CAPRI round 1 A Vangone, J Rodrigues, LC Xue, GCP Van Zundert, C Geng, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 85 (3), 417-423, 2017	60	2017
Strengths and weaknesses of data‐driven docking in critical assessment of prediction of interactions SJ de Vries, ASJ Melquiond, PL Kastritis, E Karaca, A Bordogna, ... Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 78 (15), 3242-3249, 2010	54	2010
Enhancers reside in a unique epigenetic environment during early zebrafish development LJT Kaaij, M Mokry, M Zhou, M Musheev, G Geeven, ASJ Melquiond, ... Genome biology 17, 1-15, 2016	45	2016
Probing amyloid fibril formation of the NFGAIL peptide by computer simulations A Melquiond, JC Gelly, N Mousseau, P Derreumaux The Journal of chemical physics 126 (6), 2007	44	2007
Next challenges in protein–protein docking: from proteome to interactome and beyond ASJ Melquiond, E Karaca, PL Kastritis, AMJJ Bonvin Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science 2 (4), 642-651, 2012	33	2012

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