Julian Parkhill

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Stephen BentleyWellcome Sanger InstituteDirección de correo verificada de sanger.ac.uk
Simon R. HarrisSenior Program Officer, Bill & Melinda Gates FoundationDirección de correo verificada de sanger.ac.uk
Matthew HoldenUniversity of St AndrewsDirección de correo verificada de st-andrews.ac.uk
Alan WalkerProfessor, Rowett Institute, University of AberdeenDirección de correo verificada de abdn.ac.uk
Nick CroucherImperial CollegeDirección de correo verificada de imperial.ac.uk
Mark A HolmesUniversity of CambridgeDirección de correo verificada de cam.ac.uk
Dr Estee TorokUniversity of CambridgeDirección de correo verificada de cam.ac.uk
Thomas ConnorProfessor, Cardiff UniversityDirección de correo verificada de cardiff.ac.uk
Sandra ReuterMedical Center - University of Freiburg, Infection Prevention and ControlDirección de correo verificada de uniklinik-freiburg.de
Brendan WrenProfessor of Pathogen Molecular BiologyDirección de correo verificada de lshtm.ac.uk
Ewan M HarrisonWellcome Sanger InstituteDirección de correo verificada de sanger.ac.uk
Stephen BakerUniversity of CambridgeDirección de correo verificada de medschl.cam.ac.uk
Josie BryantUniversity of CambridgeDirección de correo verificada de sanger.ac.uk
Francesc CollInstitute of Biomedicine of Valencia (IBV), Spanish National Research Council (CSIC)Dirección de correo verificada de ibv.csic.es
Andrew J. PageDirector of Technical Innovation, Theiagen GenomicsDirección de correo verificada de quadram.ac.uk
R. Andres FlotoUniversity of CambridgeDirección de correo verificada de cam.ac.uk
Gavin PatersonUniversity of EdinburghDirección de correo verificada de ed.ac.uk
Claudio U. KöserUniversity of CambridgeDirección de correo verificada de cam.ac.uk
John WainQuadram Institute BiosciencesDirección de correo verificada de jidc.org
Susannah Jane SalterUniversity of CambridgeDirección de correo verificada de cam.ac.uk

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Genomics microbiology bioinformatics evolution Infectious diseases


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A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing J Qin, R Li, J Raes, M Arumugam, KS Burgdorf, C Manichanh, T Nielsen, ... nature 464 (7285), 59-65, 2010	13630	2010
Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence ST Cole, R Brosch, J Parkhill, T Garnier, C Churcher, D Harris, SV Gordon, ... Nature 396 (6707), 190-190, 1998	10363	1998
Enterotypes of the human gut microbiome M Arumugam, J Raes, E Pelletier, D Le Paslier, T Yamada, DR Mende, ... nature 473 (7346), 174-180, 2011	8595	2011
Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers E Le Chatelier, T Nielsen, J Qin, E Prifti, F Hildebrand, G Falony, ... Nature 500 (7464), 541-546, 2013	4984	2013
Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis AJ Page, CA Cummins, M Hunt, VK Wong, S Reuter, MTG Holden, ... Bioinformatics 31 (22), 3691-3693, 2015	4592	2015
Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2) SD Bentley, KF Chater, AM Cerdeño-Tárraga, GL Challis, NR Thomson, ... nature 417 (6885), 141-147, 2002	4315	2002
Artemis: sequence visualization and annotation K Rutherford, J Parkhill, J Crook, T Horsnell, P Rice, MA Rajandream, ... Bioinformatics 16 (10), 944-945, 2000	3707	2000
Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses SJ Salter, MJ Cox, EM Turek, ST Calus, WO Cookson, MF Moffatt, ... BMC biology 12, 1-12, 2014	3192	2014
The genome sequence of the food-borne pathogen Campylobacter jejuni reveals hypervariable sequences J Parkhill, BW Wren, K Mungall, JM Ketley, C Churcher, D Basham, ... Nature 403 (6770), 665-668, 2000	2427	2000
Massive gene decay in the leprosy bacillus ST Cole, K Eiglmeier, J Parkhill, KD James, NR Thomson, PR Wheeler, ... Nature 409 (6823), 1007-1011, 2001	2238	2001
An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome J Li, H Jia, X Cai, H Zhong, Q Feng, S Sunagawa, M Arumugam, ... Nature biotechnology 32 (8), 834-841, 2014	2178	2014
Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins NJ Croucher, AJ Page, TR Connor, AJ Delaney, JA Keane, SD Bentley, ... Nucleic acids research 43 (3), e15-e15, 2015	2138	2015
Dominant and diet-responsive groups of bacteria within the human colonic microbiota AW Walker, J Ince, SH Duncan, LM Webster, G Holtrop, X Ze, D Brown, ... The ISME journal 5 (2), 220-230, 2011	1980	2011
ACT: the Artemis comparison tool TJ Carver, KM Rutherford, M Berriman, MA Rajandream, BG Barrell, ... Bioinformatics 21 (16), 3422-3423, 2005	1852	2005
Genome sequence of Yersinia pestis, the causative agent of plague J Parkhill, BW Wren, NR Thomson, RW Titball, MTG Holden, MB Prentice, ... Nature 413 (6855), 523-527, 2001	1550	2001
Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar Typhi CT18 J Parkhill, G Dougan, KD James, NR Thomson, D Pickard, J Wain, ... Nature 413 (6858), 848-852, 2001	1524	2001
The minimum information about a genome sequence (MIGS) specification D Field, G Garrity, T Gray, N Morrison, J Selengut, P Sterk, T Tatusova, ... Nature biotechnology 26 (5), 541-547, 2008	1374	2008
The complete genome sequence of Mycobacterium bovis T Garnier, K Eiglmeier, JC Camus, N Medina, H Mansoor, M Pryor, ... Proceedings of the National Academy of Sciences 100 (13), 7877-7882, 2003	1331	2003
Out-of-Africa migration and Neolithic coexpansion of Mycobacterium tuberculosis with modern humans I Comas, M Coscolla, T Luo, S Borrell, KE Holt, M Kato-Maeda, J Parkhill, ... Nature genetics 45 (10), 1176-1182, 2013	1326	2013
Evolution of MRSA during hospital transmission and intercontinental spread SR Harris, EJ Feil, MTG Holden, MA Quail, EK Nickerson, N Chantratita, ... Science 327 (5964), 469-474, 2010	1292	2010

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