| PBM-PAI di Sekolah: Eksistensi dan Proses Belajar Mengajar Pendidikan Agama Islam C Thoha, A Mu’ti Yogyakarta: Pustaka Pelajar 183, 1998 | 211 | 1998 |
| The limits of religious freedom in Indonesia: with reference to the first pillar Ketuhanan Yang Maha Esa of Pancasila A Mu'ti, AN Burhani Indonesian Journal of Islam and Muslim Societies 9 (1), 111-134, 2019 | 78 | 2019 |
| Kristen Muhammadiyah: konvergensi Muslim dan Kristen dalam pendidikan A Mu'ti, FRU Haq Al-Wasat Publishing House, 2009 | 58 | 2009 |
| Kosmopolitanisme Islam Berkemajuan: Catatan Kritis Muktamar Teladan Ke-47 Muhammadiyah di Makasar 2015 A Mu'ti, FR Ulhaq, A Khoirudin, AF Fanani Muhammadiyah University Press, 2016 | 49 | 2016 |
| Systematic review tentang pengaruh obesitas terhadap kejadian komplikasi diabetes melitus tipe dua CC Regina, A Mu'ti, E Fitriany Verdure: Health Science Journal 3 (1), 8-17, 2021 | 39 | 2021 |
| PBM-PAI Di Sekolah; Eksistensi Dan Proses Belajar Mengajar Pendidikan Agama Islam T Chabib, A Mu’ti Yogyakarta: Pustaka Pelajar Offset, 1998 | 34 | 1998 |
| Toleransi yang otentik: menghadirkan nilai kemanusiaan dan keterbukaan dalam beragama, berpolitik dan peradaban global A Mu'ti Al Wasat Publishing House, 2019 | 33 | 2019 |
| Akar pluralisme dalam pendidikan Muhammadiyah A Mu’ti Afkaruna: Indonesian Interdisciplinary Journal of Islamic Studies 12 (1), 1-42, 2016 | 31 | 2016 |
| Pluralisme positif: Konsep dan implementasi dalam pendidikan Muhammadiyah A Mu'ti, A Khoirudin Majelis Pustaka dan Informasi PP Muhammadiyah, 2019 | 24 | 2019 |
| Kekerasan seksual di lingkungan pesantren DC Aprilia, A Mu’ti, S Sururin Journal on Education 5 (1), 662-675, 2022 | 23 | 2022 |
| Pluralistic Islamic religious education: A vision for Indonesia A Mu’Ti The Review of Faith & International Affairs 21 (2), 121-127, 2023 | 22 | 2023 |
| PBM PAI di Sekolah C Thaha, A Mu’ti Yogyakarta: Pustaka Pelajar, 1998 | 20 | 1998 |
| Gambaran Pengetahuan ibu Tentang ASI Eksklusif dan Cara Pemberian ASI Eksklusif pada Bayi Usia 0-6 Bulan di Puskesmas Segiri Samarinda AP Pertiwi, A Mu’ti, M Buchori Jurnal Kedokteran Mulawarman 9 (3), 103-109, 2023 | 12 | 2023 |
| Ta’awun untuk negeri: Transformasi Al-Ma’un dalam konteks keindonesiaan A Mu’ti, AJ Muis, A Khoirudin, BD Kurniawan, B Prakoso Jakarta: Majelis Pustaka dan Informasi PP Muhammadiyah, 2019 | 12 | 2019 |
| Ta’awun untuk Negeri: Konteks Keindonesiaan A Mu'ti Muhammadiyah University Press, 2019 | 10 | 2019 |
| Local Wisdom-Based Multicultural Education: Muhammadiyah Experience A Mu'ti Intellectual Discourse 33 (Special Issue 1), 2025 | 9 | 2025 |
| Inkulturasi Islam: menyemai persaudaraan, keadilan, dan emansipasi kemanusiaan A Mu'ti Al-Wasat, 2009 | 8 | 2009 |
| Pendidikan Agama Islam yang Pluralistis: Basis Nilai dan Arah Pembaruan A Mu’ti Вестник Росздравнадзора, 2020 | 7 | 2020 |
| Analisis bioautografi dengan kromatografi lapis tipis pada ekstrak etanol daun Caesalpinia sumatrana roxb. Terhadap bakteri penyebab infeksi nosokomial Y Yasir, Y Yuniati, S Paramita, M Zubaidah, A Mu’ti, D Danial Jurnal Sains Dan Kesehatan 1 (7), 359-366, 2017 | 7 | 2017 |
| Akar Pluralisme dalam pendidikan Muhammadiyah. Afkaruna, 12 (1), 1–42 A Mu’ti | 7 | 2016 |